Podaci o znanstveniku
Osnovni podaci
Zaposlenja
Nastavne aktivnosti
Projekti
Bibliografija
Znanstveni interesi


Pavle Goldstein - Projekti

Natrag na pregled projekata

Markovljevi modeli i višestruko poravnavanje familija proteina
Šifra projekta: 2003-047
Vrsta projekta: Ministarstvo znanosti, obrazovanja i športa

Opis projekta
Prepoznavanje strukture i funkcije proteina iz zadanog niza amino-kiselina jedan je od osnovnih problema u bioinformatici. Ključan korak u tom procesu je modeliranje familija proteina, tj. algoritam koji odlučuje da li pojedini niz amino-kiselina pripada zadanoj familiji nizova ili ne. Među raznim tehnikama koje se koriste u tu svrhu, jedna od najuspješnijih je ona bazirana na skrivenim Markovljevim modelima. Ukratko rečeno, skriveni Markovljev model familije proteina se dobiva iterativnom procedurom, koja maksimizira očekivanje podataka u odnosu na trenutni model. Tako dobiveni profil familije koristi se za izradu višestrukog poravnavanja i statističku analizu podataka. Predlaže se izrada programskog paketa za proučavanje familija proteina putem Markovljevih modela, što uključuje višestruko poravnavanje familije, funkciju udaljenosti na podacima, i izradu filogenetskog stabla. Programi će biti implementirani paralelno na LNR.

Voditelj projekta: Pavle Goldstein
E-mail adresa:


URL Projekta: http://compbio.math.hr/